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Um aufgewachsene Schichten in einen thermodynamisch stabilen Zustand zu überführen oder Reaktionen in der Probe auszulösen, werden Annealing-Prozesse durchgeführt.

Temperprozesse werden meistens genutzt, um aufgewachsene Schichten in einen thermodynamisch stabilen Zustand zu überführen. So können Gitterbaufehler (Atome auf Zwischengitterplätzen und Vakanzen) ausheilen oder atomare Punktdefekte in Reaktionen mit Wasserstoff/Formiergas abgesättigt und somit deaktiviert werden. Es lassen sich ebenfalls Reaktionen in der Probe auszulösen (z.B. Kristallisation, Dotanden-Aktivierung). Je nach Anwendungszweck werden verschiedene Öfen genutzt.

Für schnelle und kurze thermische Behandlungen stehen mehrere Rapid Thermal Processing (RTP) -Öfen zur Verfügung. Damit können mittels hochintensiver Infrarotlampen Substrate mit sehr hohen Heizraten und unter verschiedenen Atmosphären/Vakuum prozessiert und ebenso schnell wieder abgekühlt werden. Diese Temperprozesse führen zur Auslösung von Reaktionen in der Probe (z.B. Kristallisation, Dotanden-Aktivierung). Es lassen sich ebenfalls durch Reaktion mit dem Prozessgas ultra-dünne Schichten kontrolliert auf der Oberfläche aufwachsen (z.B. Oxide oder Nitride).