Der Direktor des des Interdisziplinären Ökologischen Zentrums wird durch den Rat aus der Gruppe der dem Zentrum zugeordneten Hochschullehrer gewählt. Satzungsgemäß vertritt der Direktor das Zentrum innerhalb der Universität und führt dessen Geschäfte.
Der Geschäftsführer unterstützt den Direktor in allen dienstlichen Angelegenheiten. Er ist besonders für die Kontakte zu Industrieunternehmen, Ingenieurbüros und Behörden sowie zu anderen Partnern zuständig. 
Das Transformationsteam erarbeitet 2024 eine überarbeitete Ordnung und Leitidee.